剧情讲述由云翼（关海山）率领之大旗门当年因护宋帝昺失败而归隐大漠，十五年后欲重出江湖，却因儿子云铿（陈庭威）与仇家之女冷青萍相恋而事败，翼被逼再次归隐，而云铮（刘青云）及铁中棠（石修）却受此事连累而被逐出师门。

棠与铮遭仇家追杀，棠跌下悬崖，为水灵光（麦翠娴）及其母水柔颂（马海伦）所救。棠、光相恋，却发现二人乃同父异母之兄妹。

而铮则遇上温黛黛（刘淑华），黛黛本乃大旗门之仇家司徒笑之养女，藉接近铮而打探大旗门之下落，后黛黛受铮真情感动，改邪归正。及后，棠、铮迭遭奇遇，武功大进，铮却误会棠背叛大旗门之秘密，冒死勇闯日帝月后之长春岛，惊险重重，棠更发现了自己与光之身世真相。

大旗门宗祖云、铁两人彪悍勇猛，又以德、义立门，以德、义立规，以德、义服人，创立了威镇武林的“大旗门”派。
但云、铁二人对其夫人却薄情寡义，结果招致了一场旷日持久的武林大厮杀。与大旗门原本有隙的寒枫堡、落日牧场、盛家庄、天武镖局、霹雳堂五大门派，结成了反叛大旗门的“五福连盟”。从此数十年连绵不断的仇杀，几乎将天下武林顶尖高手全部牵涉其中。猜疑误会，凶残仇杀充斥了整个武林。

但武林中又恩仇交错，你中有我，我中有你。虽是仇家，却交织着相惜之情，抬手之恩，多情厚爱，生死相随，个中又充满着传奇式的爱情，传奇式的遭遇。
诡秘莫测多变的武林，才会生出了离奇玄奥，传诸后世的故事……

该剧对古龙原著《大旗英雄传》改动较大，也没有书中描述精彩，如观众有意可参看原著，定能领略其中美味！