第一位boss恶魔兽

恶魔兽：漆黑之衣包裹全身的堕天使型数码兽。原本为闪耀光辉的天使兽系数码兽，在数码世界空间扭曲的存在——黑暗区域堕落成堕天使。在胸口浮现的巨大邪恶标记即是证明。恶魔兽有着狡猾凶恶的性格，以及非常优秀的才智。据说被其深红发光的双眼所凝视的人，心灵会被支配，为恶魔兽所控制。必杀技是“死亡之爪”，将伸缩自如的双臂伸长，贯穿对方的身体。

小说中提到恶魔兽是小丑皇部下，隶属于噩梦军团。黑暗四天王在封印四大圣兽，袭击“代理者”后，将进化钥匙交予恶魔兽保管。恶魔兽将进化钥匙封存于海底洞穴，用黑色齿轮操控钻地兽，令其代为看管。
利用其放出的黑色齿轮，控制了法路易岛和部分数码兽，且分割档案岛企图扩张自己的势力至沙巴大陆，它的主要手下为奥加兽和狮子兽。是孩子们遇上的第一位boss，在法路易岛最终决战中恶魔兽可利用黑色齿轮将自己身型变大，实力大为增强，最后被天使兽集合被选召孩子的力量打败封印，但天使兽却因用尽力量变回数码蛋。设定上小恶魔兽可以进化为恶魔兽，而恶魔兽可以进化为吸血魔兽。重置版版中疑似与阿武的搭档巴达兽是旧识，称呼其为我的老朋友，后进化为新种恶魔兽以及究极体的但丁恶魔兽，被太一及战斗暴龙兽打败。

第二位boss猿猴兽

猿猴兽在《数码兽大冒险》第集初登场，是只很有趣的数码兽，喜欢唱歌和玩弄被选召的孩子们。自夸为全数码世界最强的数码兽，有极强的近身格斗能力，还有着广阔的势力范围，在其势力范围中铺满了电缆。不断跟踪孩子们，在第集被太一的机械暴龙兽打败，但它的黑暗网络发出了强烈的磁场，把太一和机械暴龙兽卷回现实世界，这给予了吸血魔兽后来挑拨离间的大好机会。

之后在第集进化为金属猿猴兽从黑暗的地底世界复活再次登场，向孩子们报复，虽然有数码世界最坚硬的金属作为外壳，但最终不敌祖顿兽手上一样坚硬的大锤和剑狮兽的利爪。

第三位boss吸血魔兽

外表像吸血鬼，颇为帅气，能迷住不少女生，在现实世界中，就是靠女性的血增强实力，但其实是野心家一名，且工于心计，想同时统治数码世界和现实世界。在第一部小说中提到，吸血魔兽是小丑皇部下，隶属于噩梦军团

在被选召的孩子打败猿猴兽以后，八神太一和滚球兽回到东京，虽然太一在现实世界只是很短的时间，但对于其他仍在数码世界的小孩来说已是几个月，在长期缺乏太一和处于安定的情况下，大家意志薄弱，一个个离开大队。吸血魔兽派出小恶魔兽，命令它利用此来从中挑拨离间，目的是要防止孩子们的徽章启动，直至太一归来重新组队。

随后，吸血魔兽开始希望进入人类世界并控制人类世界，从而带领很多数码兽从远古时期的门进入异次元世界（即人类世界），派出他的军队在东京大肆破坏，并使用技能【云之奴仆】历时多天制造迷雾逐步控制了人类的世界，但被自己的手下迪路兽进化的天女兽利用光明的神圣弓箭射穿心脏。

然而，吸血魔兽在年8月3日晚上6时分秒，进化成怨毒吸血魔兽，但被战斗暴龙兽和钢铁加鲁鲁兽联手打败；而在他死后，虽然在现实世界的战斗结束，但天上突然出现数码世界，这证明了黑暗势力并未瓦解，战斗未完结。

也是第二部的大boss。吸血魔兽虽死，灵魂却留了下来，并在及川的同意下进入了其身体，慢慢发展自己的势力，将黑暗种子放到了没有梦想的孩子们身体中，然后提取黑暗种子，获得黑暗力量之后再次复活并成为变种吸血魔兽，最终因孩子们有了梦想身体变成碎片，在战斗形态的帝皇龙甲兽的超级死亡中彻底灭亡。

第四位boss黑暗四天王

从启示录兽那里获得力量的四只究极体数码兽，他们分别是：小丑皇、木偶兽、机械邪龙兽、钢铁海龙兽。分别掌管山脉、森林、城市、海洋，在漫长的战争中击败并封印四圣兽而统治数码宝贝世界，后来相继被选召的孩子和他们的数码宝贝打败。

实力差异很大，其中小丑皇最强，表现最亮眼。

第五位boss启示录兽

人类的负面感情和进化过程中消失掉的数码兽们的怨念集结而成的存在。连是不是数码兽都不得而知。消失掉的数码兽们的必杀技它全都能使用。其形态为，正十二面体的上方一面有着类似于人类的上半身（本体），剩余的各面有着较小的五角锥体，各自都有着像DNA一样的二重螺旋状触手。

在《冒险者的战斗中》，启示录兽是集合了世上所有知识生成的究极体数码兽，是奥米加兽的死敌，被奥米加兽打败，它的怨念催生出梅菲斯兽。