《叛逆者》的大结局是林楠笙和朱怡贞被警察包围，两人逃跑后，朱怡贞中弹落水林楠笙跳水没有救到，林楠笙被渔民救起，在村庄里当了小学老师，迎接解放军的到来，回到组织后的林楠笙请求同志们帮忙寻找朱怡贞，但依旧没有得到她的消息等等。

是一个开放式的结局，表面上是很圆满的，朱怡贞和林楠笙在一起了，但实际上却藏着悲剧的内核。导演想要通过更多细节展示该剧的主题思想，呈现出跟革命者们不畏牺牲的大无畏精神，也可以体现出他们舍弃小我为他人的奉献精神。 朱怡贞的生死问题也引起了观众的争议，但从剧情分析来看，朱怡贞生还的可能性不大。林楠笙一直在用自己的方式去缅怀牺牲的同志们，他在学校教书时喜欢穿大褂、留着三七分头发型，这是为了纪念牺牲的纪中原和顾慎言，而所有的学生都叫他左老师

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1936年，复兴社干部林楠笙随复兴社特务处上海区区长陈默群来到上海。陈默群根据叛徒的消息找到了地下党的联络处，并得知朱怡贞是中共在上海的联络员。陈默群委托林楠笙接近联络员，借此打入地下党。林楠笙带着任务潜入共产党内部，并与党内的顾慎言、纪中原、朱怡贞熟识。

她深切地感受到共产党这一组织中的向心力和责任感，而与此同时国民党内部则乱象丛生，令她开始反思自己的立场。与日本人的斗争中，她屡次立功，在国家民族面前她于共产党团结一心，并思考了十年后，发自内心地成为了共产党员。并在关键时刻，为党内做出了巨大贡献。