结局：狄公与曾泰于蛟王祠会面的消息走漏，引来了铁手团所有人的出动，这日夜晚，所有铁手团的杀手都包围了狄公所在客栈，并在卧虎庄设伏。当策划这起震动江南的私盐大案的主谋者现身时，众人惊呆了。

老奸巨滑的铁手团宗主不假思索地道出了此事的前因后果，以及他的真实身份——朝廷郡王颖王元齐。与此同时，一直困惑所有人的林阳这一神秘人物也揭下了蒙尘已久的面纱，他竟是一直潜在狄公身边的、曾与元芳宁氏朝夕相处、患难与共的至交——山阳县令鲁吉英。

所有参与谋划此事的主犯共同站在了狄公的面前，一起给狄公讲起了两年前他们为这起大案合谋的故事。而当故事讲到高潮部分时，狄公却话锋一转，转到了此案的转折点，最后竟直指此案的核心，并告诉他们一件令他们万万没有想到的事。

就在这时，外面响起了信号，顿时杀声冲天。众主凶大惊失措。狄公反被为主，亲率卧虎庄会战，同时，曾泰一行人也相继赶到，鲁吉英、吴文登等人被擒。最后的战斗动魄惊心。铁手团杀手除被杀者，全部投降。主凶元齐被元芳、云姑二人拔剑合诛。

第二日早晨，卧虎庄庄主葛天霸与云姑并率众家丁前来举义投诚。当众人提到小清时，天霸不禁流下了悔恨的泪水，元芳默默目向远方，他的眼圈红了。邗沟大案，自案发至始，至今日俱结，已历两年又三月矣。

至今，大案结陈，元凶授首，逆魁成擒。五名囚犯被送上断头台，狄公一声令下，“来呀，将崔亮、吴文登、杨九成、鲁吉英、文清押赴刑场，斩首示众！”狄公提起令箭，扔下竹签，双目威仪的光芒直射阶下五人。

刽子手齐应道：“是！”多日死气沉沉的邗沟终于复苏通航了，沉寂了两年的大运河，又喧嚣起来了。淮北终于可以吃到朝庭的官盐了。狄公三人望着宽阔的河面，心情久久不能平静。

狄仁杰第三部的大结局如下：

神探狄仁杰第三部分为两个案子，黑衣社和邗沟覆船。黑衣社的大结局是狄仁杰识破黑衣社的计策，活捉黑衣天王，并将黑衣社一网打尽。漕渠魅影大结局是狄仁杰元芳曾泰在扬州消灭了江湖势力铁手团，然后夺回了失踪的官盐，邗沟继续通航。