《瞳孔中的暗杀者》是《名侦探柯南》的第四部剧场版动画，在年上映。

下雨天，柯南和少年侦探团过马路时，碰到了一个去电话亭打电话的大叔。柯南通过大叔横着打开手册，从左向右写的动作，推测他是个刑警（奈良泽）。等他们过了马路，凶手开枪杀死了那个大叔（右手打伞，左手开枪）。大叔死前一手捂住伤口，另一只手则紧紧抓住左胸口袋（其中有警察手册）。

几天后，某公寓地下停车场，刑警芝阳一郎死在车旁，手里拿着一本警察手册。

白鸟的妹妹在米花太阳广场饭店举行结婚庆祝会，毛利、小兰、柯南、园子和英理都前来祝贺（新娘子也是个律师）。在会场，他们见到了刑事局长小田切敏郎，白鸟的主治心理医师风户京介以及小田切局长的儿子小田切敏也（其实还有一男一女也露面了，但是并没有介绍）。毛利本想找高木了解案情，白鸟回复了一句Need not to know，即无须知道，这是警界惯用行话，所以柯南猜测凶手可能是警界相关人士。

小兰和佐藤来到卫生间，二人正在交谈，电力设备被引爆，卫生间一片漆黑。这时小兰发现了化妆柜下的手电筒（打开的），刚拿起来，黑衣人就举枪射击，佐藤为了保护小兰，中弹倒地，而小兰也被吓晕。二人被送往医院，饭店内的人都做了硝烟测试，但均没有反应。医院内，佐藤重伤被救活，小兰醒来后失忆。目暮警官讲述了当前的调查情况。

去年夏天，东大附属医院医师仁野保死在自己的公寓内。当时负责调查的是友成警官，他的手下包括奈良泽、芝阳一郎和佐藤。仁野死前喝了很多酒，然后用自己的手术刀从右颈动脉一刀切下，导致失血过多而死（如果此案件为他杀，从手术刀的方向看，凶手为左撇子）。第一个发现尸体的是其妹仁野环（饭店中出现的那个女人）。仁野死前几天，因为手术失误遭到患者家属控告，其公寓内留有为手术失误道歉的遗书，因此友成警官认为他自杀的可能性很高。但其妹则不这么认为，她认为自己的哥哥医术差，人品更差，不会因为这件事自杀的。

在调查这件案件的过程中，友成警官因为突发心脏病去世，而奈良泽和芝阳一郎则发现嫌疑人之一是小田切敏也（曾和仁野保发生口角）。在友成警官的葬礼上，其子友成真（饭店中出现的那个男人）责怪父亲的手下未能及时送他去医院，认为是他们害死了自己的父亲。

最终这件案子以仁野保自杀结案。而最近几天，奈良泽、芝阳一郎和佐藤又开始重新调查这个案子，后面就发生了良泽和芝阳一郎被杀的事情。目前，刑警被杀案件已知的嫌疑人包括：仁野环、小田切敏也和友成真，而小田切父子和友成真都是左撇子。

在乘坐东都环状线的站台上，小兰被推下了站台，幸好被柯南救下，才没有被电车撞到。目暮猜测小兰看到的凶手的长相，所以凶手才会要杀她。

柯南来到饭店思考如何才能开枪而不留下硝烟反应，看到伞架突然想到了之前伞架上有把雨伞。他找前台要到了那把雨伞，打开一看，伞上有个洞。

柯南来到敏也演出的酒吧，在这里看到了仁野环。他想到仁野环之所以在现场，是跟踪敏也去的。敏也此时对每天跟着他的仁野环破口大骂，而仁野环也说明之所以每天跟着他，是因为她认为是敏也杀了那两位刑警。

柯南和仁野环来到小田切家中，见到了小田切局长。局长讲述了敏也和仁野保之间的事情：敏也发现仁野保暗地里贩卖药品，所以就以此向其勒索封口费。当局长发现此事后，就命令奈良泽重新开始调查仁野保被杀案。

医院中，小兰发现自己还记得曾和新一去过的热带乐园，所以决定第二天去看看。第二天，小兰、园子、毛利和少年侦探团一起来到了热带乐园（小兰不想让柯南做危险的事，所以未告知他）。友成真想联系毛利，所以也一起来了（搞事情啊，穿着玩偶服，还被误以为要伤害小兰）。而柯南则和仁野环见面，一起交流刑警被杀案的资料。柯南通过仁野环抽烟的动作，发现她也是左撇子。

柯南来到东都附属医院，找护士了解仁野保的事。柯南从护士那里听说，仁野保曾在做手术时，将一名医生的手割伤。之后他想将调查结果告知毛利，却找不到人，最终通过英理秘书得知小兰在热带乐园。

柯南来到热带乐园，在瞭望台发现凶手要伤害小兰，最终阿笠博士为保护小兰受伤。小兰为避免身边的人受伤，一个人跑开了，柯南找到小兰，带着她一起逃跑，最终和凶手相遇。

柯南解说真相：奈良泽死前右手紧紧抓住左胸，实际上想要表达是心脏，而凶手就是曾经在外科，却由于被仁野保割伤左手无法手术从而转去心疗科的风户京介。柯南怀疑他是因为他曾经打电话时用左手拨号，说明他是左撇子。风户说，一年前去仁野家喝酒，仁野承认当时是故意割伤他左手的，于是风户一气之下杀了仁野。后来他从找他治疗的奈良泽口中得知仁野保被杀案重启调查了，而且还有友成真这号人，所以他就想杀了那三名警察，并让友成真背黑锅。他又从找他治疗的白鸟口中得知奈良泽死前仅仅抓住左胸的警察手册这件事，所以在杀死芝阳一郎时将警察手册放到他的手上。而在饭店中没有检测出硝烟反应这件事，则是因为风户在开枪时，用雨伞挡住了身体。

最终小兰恢复了记忆，在柯南和小兰的合力下，抓住了凶手风户京介。

本部作品的推理过程设计精巧，逻辑缜密，在剧情中，经常会有一些细节提示误导观众，但最终都能很好的解释。引子中新兰一起在热带乐园约会，和结尾在热带乐园抓住凶手前后呼应，而喷泉和冰可乐在为小兰恢复记忆提供关键契机的同时，也让人深深感受到了他们之间的深厚感情。

By the way（顺便讲一下），上一篇《世纪末的魔术师》中，描写的细节过多，文章篇幅超标，所以后面的文章会尽量省略和推理无关的细节。而且我打算从上帝视角，以叙事的角度去在微头条上重新叙述剧场版的各个案件（字左右），希望大家多多支持。