这部《寻秦记》电视剧的大结局是：在天牢内，嬴政故意向不韦讲出自己真正身分，不韦差点被气死，嬴政再赐他饮毒酒，最后不韦死不瞑目。

嬴政要奖赏少龙，少龙只好婉拒，见赢政得意忘形的模样，心情复杂。

嬴政为引嫪毐回来，将他与朱姬的儿子吊在宫中广场，朱姬跪地哀求嬴政也无动于衷。

太丧心病狂了，然后嫪毐出现，嬴政在二人面前将绳索斩断，婴儿活生生地挞死，嫪毐与朱姬痛不欲生，受不了，最后双双自杀，少龙想救却无能为力，悲愤交加。

琴清气急败坏奔出，指廷芳留书出走，少龙慌忙追出。

原来廷芳自觉非清白之身，配不上少龙，少龙向廷芳表达爱意，廷芳却无动于衷，少龙焦急之下说出了“ILoveYou”，更配合身体语言，廷芳被其深情打动。

少龙抱着琴清和廷芳共赏落日美景，善柔突然出现，悄悄地向少龙示爱，少龙顿时不知怎么办。

嬴政以一半江山及师徒情义试探少龙，少龙心知伴君如伴虎，不心动，嬴政见少龙心有决定。

少龙带二女等离开咸龙阳君城，赫见王翦率兵守在城门阻拦，少龙心下一沉。

少龙等顺利返回乌家堡，即接报嬴政亲率大军来捉少龙，少龙吩咐众人躲进赵雅的衣冠冢内，自己欲与嬴政来个同归于尽，琴清和廷芳猜到其心意，誓要生死与共……

项少龙决定留在古代，最后娶了乌廷芳和琴清归隐田园。乌廷芳给他生了个儿子，就是西楚霸王项羽，琴清怀孕，但还没生，就这样。善柔继续行走江湖，赵倩和赵雅都死了，赵盘当上了皇帝，连晋死了。