主线剧情有以下集数：

1、新一变柯南

TV1-2集

新一暗中观察的毛病始终改不了，这一次不走运的新一看见了神秘组织和某公司社长进行秘密交易，看的正起劲的时候不料被后面来的琴酒当头一闷棍干趴下。

变小后的新一来到了阿笠博士这里，说明原委后博士相信了他，不料小兰的突然造访，情急之下的新一急中生智，以江户川柯南的身份蒙混过关。

2、服部识破柯南身份

TV59-60集

通过细心的观察和推理，服部还是怀疑柯南的身份，作死的柯南把麻醉枪对准了服部，醒来的服部发现事情并不简单，威逼利诱下，柯南道出了实情。两人正式成为好基友。

3、雪莉出场

TV135-141集

琴酒利用明美抢劫玩十亿元后便杀死了明美，雪莉对这件事耿耿于怀，组织也没有给一个明确的说法。

雪莉以停止研究为要挟，后被组织关押起来等待发落，期间雪莉偷偷服下了私藏的A药，逃出去的雪莉也是来到了阿笠博士这里，被博士发现后收养，化名为灰原哀。

中间灰原对柯南说了一句很意味深长的话：工藤，我想你从来没想过吧，半世纪前你已经在我们组织进行的秘密计划中，已经有很大关联了。

4、再会琴酒

TV176-178

琴酒接到组织的任务杀掉吞口议员，期间灰原和柯南发现了琴酒的车子保时捷356A，柯南在车上装上了窃听器，上车不久后，琴酒就发现了窃听器和一根啡色的头发。

匹斯可顺利的杀死了吞口议员的同时也发现了灰原哀的真实身份，灰原被带到一个酒窖里，后来经过柯南的指点，灰原暂时恢复了身体逃到了屋顶，却不料琴酒早已等候多时。

赶来救援的柯南一针射向了琴酒，灰原趁机从烟囱逃回酒窖。

5、人鱼篇

TV241-243集

柯南一家和服部两口子来到了人鱼岛观光，期间接二连三的发生命案，柯南调查名册的时候发现了宫野志保的名字，其中还有黑泽阵和鱼冢三郎的名字，这两个名字可能是琴酒和伏特加的真名。

6、纽约篇

TV308-310集

新一和小兰救下了假扮成杀人魔的贝尔摩德，这也为以后满月篇贝姐放过柯南埋下伏笔。

7、板仓卓的日记

TV332-336集

半仓做受到组织的威胁，要求其开发出一种未知软件，但是板仓卓说为了全人类，自己不能开发这种软件，期间板仓卓和贝尔摩德有一段意味深长的对话，我们既是上帝也是恶魔，我们要逆转时间的洪流，让死人复活。

8、宫野志保的录音带

TV363-366集

贝姐发现灰原哀的真实身份，灰原哀在厕所里找到了宫野艾莲娜留下的录音带。重点是录音带的内容，录音带的前18卷提到了爱莲娜正在研究一种药物，大概率就是A药。

9、满月篇

TV371-375集

朱蒂发现了贝尔摩德就是沙朗温亚德，想借此除掉她，却不料被贝姐反打一波，命悬一线的时候，赤井秀一出来向贝姐开了一枪，虽说有防弹衣的保护，但还是被打断了三根肋骨。

情急之下的贝姐挟持柯南逃跑，柯南在身上装了收讯装置，监听到贝姐和BOSS联系的邮箱声音。

贝姐发现后用催眠瓦斯让柯南睡着，而自己则用手枪打自己保持清醒，柯南醒来后发现装置都被破坏，而身上则盖着贝姐的衣服。

10、黑色的冲击

TV459-463集

组织成员水无怜奈、基安蒂、科恩出场，暗杀任务被柯南、FBI阻止

11、黑色的影子

TV502-505集

贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。

12、红黑篇

TV538-551集

非常非常经典的一个主线篇，水无伶奈执行任务返程后出车祸被FBI救下，期间发现水无伶奈的真实身份是CAI的成员，是在黑衣组织的卧底，也确认了本堂瑛佑和水无伶奈是姐弟关系。

琴酒设计找到了水无伶奈并且最终成功营救水无伶奈，但是回到组织的水无伶奈似乎被怀疑忠诚度，于是琴酒要求她约出赤井秀一并杀死他，水无伶奈按照要求杀死了赤井秀一。

13、列车篇

TV753-756集

组织发现雪莉乘坐了这一趟的列车，并计划杀死雪莉，派出贝姐和波本来执行这一次任务，但柯南早就看穿了这一切，联系怪盗基德假扮雪莉，期间柯南一行人救下灰原哀。

列车到站之后，贝姐发现雪莉还活着，但是贝姐并没有向上报告，波本也开始怀疑赤井秀一死亡的真实性！

14、世良真纯巧妙的安排

TV812-813集

世良有意让柯南看到自己与一位神秘少女的合影。少女身体虚弱，与世良相像，要求世良称其为“领域外的妹妹”。

15、绯色篇

TV779-783集

非常关键的主线篇，上承列车红黑篇，下接朗姆篇。波本为了验证自己的怀疑，联手贝姐调查赤井秀一假死的事情，波本的疑虑得到了验证，赤井秀一确实还活着，但并不知道就是以冲矢昴的身份或者。

绯色篇的结尾出现了经典的红茶游戏，三个骷髅头杯垫最后都消失了。最后赤井秀一展示了水无伶奈发来的RUM的消息。

16、领妹出场

TV839-840集

“领域外的妹妹”和冲矢昴都很关心羽田秀吉的比赛情况。世良邀请柯南到访，“领域外的妹妹”表示柯南未必符合她的期待。

新一暗中观察的毛病始终改不了，这一次不走运的新一看见了神秘组织和某公司社长进行秘密交易，看的正起劲的时候不料被后面来的琴酒当头一闷棍干趴下。

变小后的新一来到了阿笠博士这里，说明原委后博士相信了他，不料小兰的突然造访，情急之下的新一急中生智，以江户川柯南的身份蒙混过关。

第1集，琴酒给工藤新一灌下药物变小。

第2集，变小的工藤新一求助阿笠博士，化名江户川柯南住进毛利侦探所。

第3集，柯南转入帝丹小学，首次替小五郎解决案件。

第4集，柯南 光彦 步美 元太组成少年侦探团。

第5集，柯南再次在新干线遇到琴酒和伏特加，窃听得知代号。（TV版为假琴酒和假伏特加）

第6集，铃木园子首次登场。

第7集，小兰首次怀疑柯南身份。

第9集，柯南使用麻醉针和变声器替毛利小五郎破案，人称“沉睡的小五郎”。

第10集，柯南假装恢复身体与小兰对话

第11—12集，麻生成实弹奏钢琴在大火中死去，成为柯南一生的遗憾。

第14集，广田雅美首次登场。

第19集，警视厅高层管理官松本清长首次登场。

第44集，工藤优作和有希子得知工藤新一变小的事情，联络国际刑警的势力调查黑衣组织。

第49集，服部平次首次登场，前来毛利侦探所挑战工藤新一。

第50集，柯南第一次恢复身体，和服部平次推理对决。

第56集，在电玩公司掌握组织线索，成员龙舌兰被炸死。

第59集，服部平次第二次登场，并开始怀疑柯南身份。

第60集，服部平次得知工藤新一和柯南是同一个人。

第78—79集，黑羽快斗首次登场；柯南vs怪盗基德。

第99—102集，小兰第二次怀疑柯南身份。

第118集，帝丹小学小林老师首次登场。

剧场版1引爆摩天楼，白鸟警官首次登场，疯狂的建筑学家挑战工藤新一。

第124—125集，组织的杀手沼渊己一郎犯案。

第135集，化名广田雅美的银行收款员，组织底层人物宫野明美被琴酒暗杀。临死前告诉柯南组织的成员衣服都如乌鸦般漆黑。

第136—139集，雪莉篇；灰原哀登场；原本是组织的科学家，吃药变小逃离组织被阿笠博士收留；APTX4869药物秘密揭晓；柯南得知广田雅美就是宫野明美是灰原哀姐姐。灰原哀继续在帝丹小学上学，帮助柯南研究恢复药。（至关重要，主线剧情转折点）

第140—141集，竞技场事件；灰原哀透露工藤新一早在半个世纪前就和组织的某项秘密计划扯上了关系。

第142—144集，怪盗基德第二次登场；柯南利用铃木园子解决案件。

第146—147集，蓝色古堡探索事件，灰原哀出场解决案件。

第177—179集，服部平次和柯南一起解决案件。

第181—182集，新出智明登场。

第190—192集，重逢篇；灰原哀首次恢复身体，柯南在杯户饭店

主线是讲工藤新一目睹黑衣人交易，然后被发现之后被强灌毒药，身体缩小，为了查明黑衣人身份，化身江户川柯南寄住在青梅竹马小兰家里，帮助她的父亲（毛利小五郎）破案的同时也在秘密调查黑衣人和恢复身体的方法。

随着层层深挖，发现黑衣人背后牵扯了一个黑暗组织，并且美国联邦的FBI也在秘密调查。柯南和FBI的人联手对抗，步步如履薄冰，危险重重。

主线就是柯南和黑衣组织的故事，很好看的，到后面会出现很多新人物，比如FBI，公安等，建议看漫画，漫画主线正在更新中，动漫就不怎么多原创多

主线剧情是，工藤追查黑衣组织